Всё началось с конца 1 фильма: с того момента, когда пингвины обнаружили, что в корабле, на котором хотели уплыть главные герои, кончилось горючее…

Жизнь на Мадагаскаре не оправдала ожиданий привыкших к комфорту льва Алекса, зебры Марти, жирафа Мелмана и бегемотихи Глории, и друзья решают сбежать с острова. После авиакатастрофы всю компанию, вместе с полюбившимися зритлеям пингвинами, а также парой шимпанзе, заносит в Африку, где Алекс встречает свою семью, которую потерял в детстве. Но неожиданно Алекс понимает, что после жизни в зоопарке у него гораздо меньше общего с родственниками, чем ему хотелось бы. Он уходит из стаи, ссорится со своим другом Марти… Тем временем жираф Мелман пытается продемонстировать свои чувства к бегемотихе Глории, и начинает сражаться за неё с бегемотом Мото-Мото. Марти начинает понимать, что совсем не отличим от своих собратьев-зебр, особенно после того, как Алекс путает его с другой зеброй. Совсем неожиданно в африканском источнике иссыхает вода, и Алекс решает спасти своё племя. Он мирится с Марти и отправляется вместе с ним на водную плотину. Мэлман признаётся Глории в любви, и она отвечает ему взаимностью. Алекса ловят обезумевшие нью-йоркцы во главе со старушонкой Нано, однако вовремя появляется отец Алекса, Зуба, и спасает его, Алекс же демонстрирует нью-йоркцам одно из своих выступлений и они узнают в нём «короля города Нью-Йорка». В итоге правителем прайда вновь становится Зуба, хотя он разделяет власть с сыном Алакеем (Это родное имя Алекса). Алекс, Марти, Глория и Мэлман решают подзадержаться на острове, пока Шкипер проводит свой так называемый «медовый месяц».